想要将朱砂工艺品在抖音上进行销售，可以通过如下的流程进行入驻：

1. 打开抖音开放平台的官网，点击申请入驻按钮；

2. 填写公司或个人的相关信息，并提供营业执照、身份证等相关证件；

3. 完成相关资料的审核和认证；

4. 根据抖音的要求，建立自己的店铺，并上传商品信息及图片；

5. 完善店铺信息，开启自营或使用抖音提供的物流服务，开始销售。

此外，针对自发货问题，抖音提供了自营和第三方物流两种方式，卖家可以根据自身情况和实际需求来选择。对于自营方式，卖家需要自己处理订单、包装、发货等相关事宜，而使用第三方物流则可以将仓储、物流等环节交由专业公司完成。在选择哪种方式时，需要根据自身资源和能力来进行权衡。